广州南沙资产经营集团有限公司系由原广州南沙资产经营有限公司、广州南沙经济技术开发总公司整合重组而来，始创于1992年。“十三五”期间，我司根据《南沙区属国企整合重组工作领导小组办公室关于印发广州南沙区属国有企业整合重组总体方案的通知》，整合南沙区港口仓储物流、文旅水上客运（包括旅游、水上公共交通等业务）等资产资源，广州南沙资产经营集团有限公司（以下简称“集团公司”）于2019年12月30日正式挂牌成立，主要定位在港航物流、文旅水上客运和资产重组管理三大业务运营板块。
整合重组后，集团公司内设8大职能部门，分别是综合管理部（党群工作部）、纪检监察办公室、审计部、安全办公室、人力资源部、财务管理部、投资运营管理部、风控合规部；下设8家下属全资运营公司，分别是广州南沙国际物流有限公司、广州南沙港口开发有限公司、广州南沙旅游发展有限公司、广州市乾信经济发展有限公司、广州南沙区锦毅置业管理有限公司、广州南沙建设维护管理有限公司、广东南沙虎门汽车渡轮有限公司、广州南沙盛龙房地产开发有限公司。